Genetica Molecolare

Preconcezionale/Fertilità

• Test per la ricerca di mutazioni del gene CFTR associate alla Fibrosi Cistica
• Test per la Sindrome dell’X fragile (FRAXA)
• Studio molecolare del gene FMR1 associato a: insufficienza ovarica prematura associata (POF)
• Studio microdelezioni del cromosoma Y (regione AZF) associate a grave oligospermia e/o azoospermia
• FV (varianti Leiden, Cambridge R306T, H1299R, Y1702C), FII protrombina G20210A, MTHFR, PAI-1 4G/5G
• HLA-G polimorfismi

Prenatale

• NIPT test prenatale non invasivo (in collaborazione con la UOC Laboratorio di Genetica medica AO San Camillo Forlanini Roma)
• Analisi di zigosità
• QF-PCR: Quantitative Fluorescent - Polymerase Chain Reaction

Postnatale

• Disomie uniparentali cromosomi (UPD) 7 (sindrome di Silver Russell), 11 (Beckwith-Wiedemann), 15 (sindrome di Prader-Willi, sindrome di Angelman)
• Test per diagnosi di Emocromatosi Ereditaria (EE)
• Test per diagnosi della Sindrome di Gilbert gene UGT1
• Sordità autosomica recessiva: Connessina 26 GJB2, Connessina 30 GJB6
• Carenza congenita Alfa-1 antitripsina
• Sindrome di Alport
• Malattia di Fabry

Neuro genetica

• Pannello NGS demenze
• Pannello NGS Parkinson e parkinsonismi
• Pannello NGS Atassia/Paraparesi spastica
• Pannello NGS ritardo mentale
• Atassia di friedreic
• SCAS: SCA 1, 2, 3, 6, 7, 8
• Distrofia muscolare di Duchenne/Becker
• Distrofia miotonica
• Malattia di Hungtinton

Genetica Molecolare Oncologica: i pazienti affetti o sani ad elevato rischio di sindrome ereditaria oncologica sono seguiti passo dopo passo, dalla consulenza genetica oncologica, alla consulenza psicologica, all’eventuale analisi del DNA, fino alla messa in atto di procedure diagnostiche, preventive e terapeutiche personalizzate.

• Pannello NGS Suscettibilità Ereditaria Oncologica (Hereditary Cancer) per la ricerca di mutazioni in 134 geni associati al rischio di sviluppo di sindromi tumorali
• neoplasie eredo-familiari della mammella e dell’ovaio (Sindrome HBOC) geni BRCA 1 e BRCA2
• Sindrome di Lynch (Hereditary Non-Polyposis Colorectal Cancer)
• Poliposi Familiare (FAP, A-FAP e MAP)
• Sindrome di Li-Fraumeni
• Adenocarcinoma gastrico diffuso ereditario
• Sindrome di Peutz-Jeghers
• Sindrome di Cowden
• Sindrome di Gardner
• neoplasie endocrine/neuroendocrine ereditarie;
• melanoma ereditario
• neoplasie ereditarie del rene

Genetica Gastronterologica

• Analisi genetica degli aplotipi (HLA-DQ2 e DQ8) per definire la predisposizione genetica alla Celiachia
• Test per la ricerca di mutazioni del gene della Lattasi (LCT) per definire la predisposizione genetica all’Intolleranza al Lattosio

Genetica cardiologica

• Pannello NGS suscettibilità ereditaria aritmie cardiache e cardiomiopatie

Trombofilia: patologie genetiche caratterizzate dalla tendenza a soffrire di episodi trombotici.

Fattore V (varianti Leiden, Cambridge R306T, H1299R, Y1702C), Fattore II protrombina G20210A, polimorfismi MTHFR*, polimorfismo 4G/5G PAI-1*, polimorfismo V34L fattore XIII*, polimorfismo 1a/1b l HPA-1*, polimorfismo -455G/A FBG*, polimorfismo del C112R-R158C APO E*, polimorfismo R3500Q APO B*, polimorfismo M235T AGT*, polimorfismo I/D ACE*, polimorfismo ins68/del68 CBS*, polimorfismo A66G MTRR*.

*Tali fattori presentano varianti geniche la cui frequenza nella popolazione è sufficientemente alta da considerarle varianti polimorfiche.

Immunogenetica: indagini per la diagnosi delle patologie HLA correlate (es. celiachia, artrite reumatoide, artrite psoriasica, spondilite anchilosante, uveite, ecc.)

• Tipizzazione HLA I classe LR (A*/B*/C*)
• Tipizzazione HLA II Classe LR (DRB1*/DQB1*/DQA1*)
• Test per la ricerca dell’antigene HLA B27
• Diagnosi molecolare suscettibilità alla Celiachia: DRB1*(LR), DQB1*/DQA* (HR)
• Diagnosi molecolare suscettibilità alla Narcolessia: DRB1*(LR), DQB1*/DQA* (HR), allele HLA-DQB1*0602
• Diagnosi molecolare della Malattia di Behçet: HLA-B (LR), allele HLA-B*5101                         
• Diagnosi molecolare della Spondilite anchilosante: HLAB* (LR), allele HLAB* 27  
• Diagnosi molecolare della Artrite reumatoide: HLADRB1* (LR), alleli HLA-DRB1*01, HLA-DRB1*04, HLA-DRB1*10      
• Diagnosi molecolare dell'Artrite Psoriasica: HLAB (LR) HLAC (LR), alleli HLAB*57, HLAB*13, HLACw*06          
• Diagnosi molecolare della Psoriasi:  HLA-B (LR), HLA-C (LR), alleli HLAB*27, HLACw*02                       
• Diagnosi molecolare della Uveite: HLAB* (LR), allele HLAB* 27                                   
• Diagnosi molecolare della Sclerosi Multipla: HLA-DRB1 (LR), allele HLA-DRB1*1501            
• Diagnosi molecolare del Diabete Tipo 1: DRB1*, DQB1*, DQA1* (LR eventualmente HR) DRB1*04 (HR), DQ2, DQ8                    

Farmacogenetica/oncogenetica
Su DNA genomico

• Analisi molecolare dei polimorfisimi del gene DPYD (tossicità 5-fluorouracile)
• Analisi molecolare dei polimorfisimi del gene UGT1A1 (tossicità irinotecano)

Su DNA somatico

• Pannello NGS su DNA ed RNA somatico: SNV, INDEL, CNV, FUSION su 50 geni target
• Instabilità dei Microsatelliti (MSI)    cKIT, MSH2, SLC7A8,STT3A,ZNF2,BIRC3, CASP2, MAP4H3
• Ipermetilazione promotore MLH1
• KRAS analisi mutazione codoni 12, 13, 59, 61, 117 e 146
• NRAS analisi mutazione codone 12, 13, 18, 59, 61, 117 e 146
• BRAF analisi mutazione esoni 11 e 15
• EGFR analisi mutazione esoni 18, 19, 20 e 21
• EML4-ALK gene ibrido        
• IDH1/IDH2 analisi mutazione codone 132IDH1/codone 172 IDH2
• fusioni geniche di ALK EML4-ALK gene ibrido
• ROS1 (esoni 32-34-35-36) fusioni geniche (esoni 32-34-36-36)
• RET fusioni geniche (esoni 8-11-12)
• MET perdita esone esone 14
• MGMT analisi stato di metilazione del promotore del gene
• PIK3CA Analisi mutazione esoni 9, e 20

Biopsia Liquida
Le indagini che vengono condotte mirano allo studio del DNA tumorale circolante (ctDNA, circulating tumor DNA) per ricercare le mutazioni genetiche in grado di conferire sensibilità o resistenza alle terapie farmacologiche dette "a bersaglio molecolare". Attualmente l'impiego della biopsia liquida a scopo di diagnosi predittiva per il trattamento farmacologico, è indicato nei pazienti affetti da carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC) ove vi siano difficoltà ad eseguire la biopsia tissutale che, pur rappresentando lo strumento tradizionale per monitorare l'evoluzione genetica del tumore, in alcuni casi può essere di difficile applicazione per la sua invasività, o per le condizioni cliniche subottimali del paziente o per la sede del tumore.

Rispetto alla biopsia tissutale inoltre lo studio del DNA tumorale circolante può rispecchiare maggiormente il carico mutazionale del tumore ed è più efficace nell'individuare le mutazioni emergenti in lesioni metastatiche in progressione di malattia.

L'attivazione del test per la biopsia liquida presso la UOSD Laboratorio di Genetica Medica consente di implementare ulteriormente il percorso multidisciplinare aziendale per il paziente affetto da carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC).

La recente letteratura scientifica dimostra che questo approccio tecnologico rappresenterà a breve uno strumento diagnostico di fondamentale utilità anche nel cancro del colon ed in altre neoplasie.

Oncoematologia

• Pannello NGS Myeloid Disease (AML, MDS, MPN, CML, CMML, JMML) su DNA ed RNA: SNV, INDEL, CNV, FUSION su 50 geni target
• Leucemia Mieloide Cronica: BCR-ABL gene ibrido, mutazioni ABL1
• Sindromi Mieloproliferative Croniche Ph negative: JAK2 V617F (quali/quantitativo), JAK2 esone 12, CARL, MPL
• Clonalità T, riarrangiamenti clonali geni codificanti della catena beta del recettore dei linfociti T
• Clonalita B, riarrangiamenti clonali geni per la catena pesante delle immunoglobuline
• LMA: CBFB-MYH11 9INVT+INV16, AML1-ETO (RUNX1/RUNX1T1), NPM1, FLT3 ITD, FLT3 TKD, IDH1, IDH2
• Leucemia promielocitica:   PML-RAR ALPHA gene ibrido
• Linfoma follicolare: IgH-BCL2
• Linfoma mantellare: IgH-BCL1

Genetica Molecolare
Ospedale Belcolle
Tel. 0761 338663
genetica.medica@asl.vt.it.
dal lunedì al venerdì dalle ore 10.30 alle 13.30.